El origen de esta raza es una auténtica incógnita pero lo único que ha quedado claro es que esta raza es independiente, pese a su proximidad geográfica, de las razas similares como el caballo de Losa (Losino), los Asturianos (Asturcones), los Cantábricos o la raza Burguete.
Hace unos siglos esta raza era muy importante en Navarra sobre todo en el noroeste. Luego, a finales del siglo XIX y principios del XX, comenzó la decadencia de la raza más que nada debido a la mecanización agraria pero también ha tenido su influencia la mayor comunicación entre regiones que ha provocado el aumento de cruces entre diferentes razas y la pérdida de efectivos de la Jaca Navarra.La zona de influencia histórica de esta raza en Navarra es la zona norte que va desde el valle de Aezkoa hasta el valle de Lana (Limítrofe con Álava) aunque hoy en día se encuentra reducida a unos pequeños núcleos en las sierras de Urbasa y Andia y otros en Goizueta, Izalzu... Aparte de estos núcleos el I.T.G. ganadero gestiona en la finca de Sabaiza (1982) un núcleo de conservación y referencia de Jaca Navarra. Los antecedentes de este núcleo de Sabaiza provienen del año 1939 ya que en esa época se resguardó un pequeño rebaño de Jaca Navarra en previsión de su descenso poblacional.
El sistema de explotación de la finca de Sabaiza es extensivo, para contribuir a la conservación del medio natural los rebaños de caballos suelen pasar casi toda su vida en el exterior, bien en sierras, montes, praderas... sólo recibirán algo de pienso o forraje en los inviernos duros. Los caballos sólo se recogerán para realizar el destete o para aplicar alguna medida sanitaria (p. ej. Desparasitaciones).Las enfermedades más habituales que se presentan en esta finca de Sabaiza son las parasitosis intestinales, los procesos respiratorios y las babesiosis.
La población actual de Jaca Navarra es de 350 ejemplares, que se reparten en 20 machos y 330 hembras. La situación de esta raza es que está en peligro de extinción
Las características reproductivas de esta raza son parecidas a las de la raza Burguete y el peso al destete de las Jacas es de alrededor 150 kg.
Datos de la población actual de Jaca Navarra
Datos estadísticos sobre la población de caballos de la raza Jaca Navarra.| Número total de animales de la raza Jaca Navarra | 350 |
| Número de hembras | 330 |
| Número de machos | 20 |
| Número de explotaciones de Jaca Navarra | 21 |
| Número de explotaciones con semental de Jaca Navarra | 17 |
Debido a esta situación de peligro de extinción, se está desarrollando un “Plan de recuperación y conservación” en colaboración con un pequeño grupo de criadores de la raza Jaca Navarra. Los primeros pasos han consistido en recopilación de bibliografía, búsqueda de ejemplares, toma de índices zoométricos y elaboración de un registro. También se realizó, en la facultad de veterinaria de Madrid, un estudio genético referido a estructuras y marcadores genéticos que puedan ofrecer más datos en lo concerniente a grupos de población, interrelaciones con razas afines..., para instaurar en un futuro no muy lejano un Programa de Selección y Mejora Genética.En la línea de recuperación de la raza se están intentando conseguir sementales de la raza para poder abastecer a los ganaderos para que las generaciones venideras sean más puras. Otro estudio que se realizó es sobre los productos obtenidos del cruce en primera generación entre Jaca Navarra (línea madre) y Pura sangre Árabe, en busca de una diversificación de las explotaciones de Jaca Navarra para poder mantener la raza en la geografía Navarra.
Otro de los proyectos es la instauración de una identificación precisa de ejemplares, genealogía... Por eso el 8 de febrero de 1999 se creó la Asociación de Criadores de Ganado Equino Jaca Navarra (JACANA), esta asociación fue impulsada por al I.T.G. Ganadero. El principal objetivo de esta asociación es desarrollar los medios para establecer un programa de recuperación y conservación de la raz
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